خطّى زير از منهاج الولاية رؤيت شد و در اختيار نگارنده قرار گرفت . 1 . نسخهء كتابخانهء آيت اللّه مرعشى به شمارهء 8862 اين نسخه به خطّ مؤلّف بوده و فقط مباحث باب اوّل از دوازده باب كتاب را در بر دارد . 2 . نسخهء كتابخانهء مجلس شوراى اسلامى به شمارهء 5526 اين نسخه تمامى ابواب كتاب را دارد ، اگر چه در آغاز و انجام آن كمى - يك يا چند برگ - افتادگى دارد و كاتب و تاريخ كتابت آن نامعلوم است . 3 . نسخهء كتابخانهء مركزى دانشگاه تهران به شمارهء 2003 اين نسخه به سال 1096 قمرى و با خطّ بهاء الدين حافظ بن محمّد تقى عبد العظيمى به كتابت رسيده و تمامى ابواب كتاب را دارد . 4 . نسخهء ديگرى در كتابخانهء مركزى دانشگاه تهران به شمارهء 5299 اين نسخه تا اواسط باب ششم را در برداشته و به خط مؤلّف است . بيشتر مطالب كتاب در اين نسخه نامرتّب و جابجا است . 5 . نسخهء ديگرى در كتابخانهء مجلس شوراى اسلامى به شمارهء 5768 اين نسخه تا آخر باب سوم كتاب را در بردارد و كاتب و زمان كتابت آن نامعلوم است . 6 . نسخهء كتابخانهء مركزى آستان قدس رضوى به شمارهء 1831 اين نسخه فقط مشتمل بر مباحث باب اوّل كتاب همراه با افتادگى در آخر آن است . از نسخه‌هاى ياد شده ، چهار نسخهء اوّل به ترتيب - به عنوان نسخه‌هاى اصل و بدل - در تحقيق و تصحيح و چاپ منهاج الولاية انتخاب شد . نسخهء اوّل ( با خطّ خود مؤلّف ) در باب نخست كتاب به عنوان نسخهء اصل و سه نسخهء ديگر به عنوان نسخهء بدل قرار گرفت . در ابواب ديگر كتاب ، نسخهء دوم ( نسخهء مجلس ) - به لحاظ همخوانى و مطابقت بيشتر با نسخهء اصل به خطّ مؤلّف در همان باب اوّل كتاب و دقّت بيشتر كاتب آن - به عنوان نسخهء اصل و نسخهء سوم ( نسخهء دانشگاه ) به